eTaxで間違えて申請してしまったら、申請期間中なら、もう一度申請し直せばいい。
そこまでは、ホームページなどに書いてあります。
じゃあ、申請し直したはいいけど、実は、支払期限も近いから、もう、払っちゃったんだ。
差額はどうしたらいいの？
税務署に問い合わせてください、しか書いてないんですね。
問い合わせてみました。
多すぎた場合（還付）＞ほおっておけば、届け出てある銀行口座に、還付されます。
少なすぎた場合（追徴）＞スマホで、国税庁の「国税スマートフォン決済専用サイト」に行き、住所氏名、電話番号、差額を手入力して、スマホ決済で支払うことができます。